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土壤環境質量監測須嚴格按照相關技術規范和標準規定實施全過程質量控制，做好現場布點采樣、運輸流轉、制樣保存、實驗室分析及數據處理審核等質量控制工作。加強監測人員的技術培訓和監督，堅持監測人員持證上崗；使用符合要求的儀器設備并定期進行檢定或校準，必要時進行期間核查；嚴格對報告質量把關。
點位布設：
為使所采集的樣品具有同等代表性，布點應遵循“隨機”和“等量”的原則。布點方法有簡單隨機、分塊隨機和系統隨機三種；基礎樣品數量可由均方差和..偏差、變異系數和相對偏差計算得出；布點數量要能滿足樣本容量的基本要求。一般要求每個監測單元.少設3個點，實際工作中還要根據調查目的、調查精度和調查區域環境狀況等因素來確定。
樣品采集：
樣品采集通常按3個階段進行，即前期采樣、正式采樣和補充采樣，面積較小的土壤污染調查和突發性污染事故調查可直接采樣。區域環境背景土壤采樣、農田土壤采樣、建設項目土壤環境評價監測采樣、城市土壤采樣、污染事故監測土壤采樣，不同的類型有不同的特點及方式，需按照相應的規定要求進行作業。
運輸流轉：
在樣品采集現場需認真填寫采樣記錄、樣品標簽、樣品信息登記表，與樣品逐一核對無誤后把樣品分類裝箱，并在運輸過程中嚴防樣品損失、混淆和玷污。樣品由專人送到實驗室后，送樣人和接樣人應同時清點及核實樣品信息，在樣品交接單上簽字確認，雙方各存一份交接單備查。